东帝汶和亚齐的独立运动，是东南亚历史上两个引人注目的事件。尽管两者都经历了长期的抗争和努力，但最终的结果却截然不同。东帝汶在2002年正式宣布独立，而几乎同一时间发起的亚齐独立运动，却在2005年宣告放弃。
东帝汶和亚齐的历史背景有着显著的差异。东帝汶位于帝汶岛东部，早在1520年就被葡萄牙占领。1613年，荷兰人进入帝汶岛西部区域，并与葡萄牙发生冲突。经过多次争夺，双方于1859年签订条约，西帝汶落入荷兰之手，东帝汶则继续由葡萄牙统治。二战结束后，印尼抓住机会宣布独立，荷兰在东南亚群岛中仅剩下西帝汶一块殖民领地。1949年，荷兰将西帝汶政权交给印尼。而东帝汶由于未受二战冲击，葡萄牙对其的殖民统治一直延续到1975年。当年，东帝汶内部三方势力发生内战，印尼借机出兵东帝汶，将其列为印尼下辖的第27个省。
相比之下，亚齐自古以来就是印尼领土的一部分，与印尼其他岛屿同属于荷兰殖民地。1385年，在苏门答腊岛北部的亚齐建立了沙穆特拉·巴塞义王国，这个王国一直存在了五六百年。然而，近代以来，亚齐和印尼群岛上其他王国一样，开始被西方入侵，并最终由荷兰统治。在印尼追求独立的过程中，亚齐人是拥护的，他们无时无刻不想着推翻荷兰殖民统治。但毕竟力量有限，所以和印尼群岛的反荷势力走向了联合，并一步步赶走荷兰殖民势力。
亚齐和东帝汶在宗教方面也存在差异。东帝汶以天主教为主，而印尼则是以伊斯兰教为主。对于既无历史从属继承渊源，又无宗教共同信仰的印尼，出兵接管东帝汶政权的行为，其性质可定义为赤裸裸的入侵。而亚齐不仅历史上和印尼其它岛屿同属于荷兰殖民地，有着共同的被统治历史，地理上也和印尼的北苏门达腊紧密相连，都以伊斯兰教为主要信仰。荷兰撤出后，印尼作为独立国，对整个荷兰殖民统治范围完全继承，并无不妥。
在国际支持方面，东帝汶得到了广泛的国际支持。印尼出兵东帝汶后，已退出殖民统治，着手安排东帝汶独立的葡萄牙，在国际上率先声讨。联合国多次审议并通过决议，谴责印尼的侵略行为，敦促印尼撤军，尊重东帝汶领土完整和人民自决权利。多年来，在联合国斡旋下，葡萄牙与印尼政府就东帝汶问题进行了十几轮谈判。而亚齐在国际上并没有获得同样的支持，因为其独立运动被视为印尼的内部矛盾。
经济回报也是影响印尼掌控决心的重要因素。自从占领东帝汶以来，来自国际的道义谴责使印尼倍感孤立。而东帝汶游击队的反击，又让印尼军队深陷泥淖。资源匮乏一穷二白的东帝汶，每年的财政预算九成以上要靠印尼政府补贴。印尼内部觉得，东帝汶成了一个肿瘤，把整个印尼浑身弄的痛苦不堪。在内外多重压力下，印尼最终同意联大由东帝汶全民公投，来决定东帝汶的未来。
同样为独立苦苦战斗的亚齐看到了希望，但是印尼军方是亚齐独立的坚决反对者。对于亚齐人全民公投的要求，印尼明确表示公投只能在自治和实行伊斯兰法之间进行，绝不允许把独立列入公投选择。至于原因，一方面因为亚齐各类资源非常丰富，是印尼主要的财政收入来源；另一方面，如果允许天主教为主的东帝汶独立有情可原，那么和印尼有着共同信仰的亚齐的分裂，相当于对整个伊斯兰的叛逆。
1999年，印尼同意东帝汶全民公投，在独立和自治选项之间，78.5%的东帝汶人选择独立。在联合国统一管理协调下，2002年5月20日，东帝汶民主共和国正式成立，成为世界上最年轻的国家。而在经历了2004年的巨大海啸之后，饱经战乱和自然灾害摧残的亚齐，再也难承其重，与印尼签署了和平协议。在进行了长达30多年的抗争后，亚齐人并没有获得渴望的独立，最终以一种所谓的“特殊自治”而收场。
综上所述，东帝汶和亚齐的独立运动虽然有着相同的斗争目的，但由于历史、宗教、国际支持和经济回报等方面的差异，导致了两者截然不同的结局。东帝汶成功获得了独立，而亚齐则未能实现其独立的愿望。
